Noé déploie en France et à l'international, différentes actions qui ont pour but de sauvegarder la biodiversité à travers notamment la protection d'espèces menacées, animales comme végétales, et la préservation de grands espaces naturels. 

Nous sommes ainsi présents en Afrique et dans les Balkans, où nous déployons des actions sur le terrain pour sauvegarder deux espèces emblématiques : l'addax et le pélican frisé. Nous organisons des patrouilles de lutte contre le braconnage et le trafic d'animaux vivants, nous surveillons les territoires où vivent se reproduisent ces animaux, nous sensibilisons les populations locales à la préservation de ces espèces, nous développons des projets d'éco-tourisme comme nouvelles sources de revenus pour les habitants.

Nous prêtons également attention à la biodiversité ordinaire, cette biodiversité parfois invisible et pourtant indispensable à nos écosystèmes, et animons des activités de reconnexion de l'Homme à la nature car "on protège ce que l'on aime, et on aime ce que l'on connaît..."

En France, nous avons ainsi créé les Prairies de Noé, projet grâce auquel nous semons des prairies fleuries favorables aux insectes pollinisateurs en milieu agricole et aux abords d'infrastructures souvent pauvres en biodiversité. Nous accompagnons également les villes et territoires dans la lutte contre la pollution lumineuse, qui perturbe fortement de très nombreuses espèces nocturnes (chauve-souris, batraciens...).